Princip metody

Originálně jsme zkombinovali dvě známé techniky a vyvinuli jednoduchý automatizovaný způsob jejich vyhodnocení.

(1) Technika RAPD (čti rapid ) umožňuje s nízkými náklady srovnávat míru podobnosti izolátů bakterií z různých vzorků.

(2) Technika analýzy tání (křivky tání) umožňuje analyzovat výsledek RAPD automatizovaně, výstupem jsou numerická data, která lze matematicky a statisticky vyhodnocovat.

Výsledkem je McRAPD (čti mek_rapid; Melting curve of Random Amplified Polymorphic DNA)

Technika RAPD je známa dlouho a pro svou jednoduchost a nízké náklady byla velmi oblíbená v dobách, kdy byly pokročilejší techniky buď obtížně dostupné nebo příliš nákladné. Měla ale zároveň špatnou pověst jako metoda velmi citlivá ke kvalitě provedení, takže v nezkušených rukou někdy selhávala. Její vyhodnocení bylo navíc u větších souborů izolátů velmi pracné a muselo spoléhat na subjektivní posouzení přítomnosti méně výrazných pruhů na gelu.

Vývojem McRAPD se nám podařilo díky numerické analýze výsledků zcela odstranit problém velké pracnosti a subjektivního hodnocení, a navíc výrazně omezit i problémy s reprodukovatelností. Protože ale prvotní zavedení McRAPD vyžaduje i tak určitý objem práce a optimalizačních kroků, rozhodli jsme se provádění této techniky nabídnout jako službu. Zákazník tak může ušetřit čas a úsilí nutné pro zavádění nové techniky a může se plně se soustředit na implementaci epidemiologických poznatků z typizace ve prospěch lepší péče o pacienty. Soustředění většího objemu typizačních prací pro více zákazníků do jedné laboratoře navíc umožní dosáhnout ideálního výkonu techniky a maximálně kontrolovat reprodukovatelnost a spolehlivost výsledků.

Reference


  • McRAPD as a new approach to rapid identification of pathogenic yeasts (2005). J Microbiol Methods 60: 107-113.

První popis kombinace RAPD a analýzy tání naší skupinou na prvogeneračním LightCycleru. PubMed záznam, plný text.


  • Rapid genotyping of Achromobacter xylosoxidans, Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa and Stenotrophomonas maltophilia isolates using Melting Curve Analysis of RAPD-generated DNA Fragments (McRAPD) (2011). Res Microbiol. 182: 386-392.

Prvotní srovnání typizačního potenciálu u nozokomiálních patogenů s MLST a AFLP. PubMed záznam, plný text.


  • Epidemic Achromobacter xylosoxidans strain among Belgian cystic fibrosis patients and review of literature (2016). BMC Microbiol. 16: 122.

Využití McRAPD pro odhalení epidemického klonu A. xylosoxidans v centrech péče o pacienty s cystickou fibrózou v Antwerpách a Gentu, PubMed záznam, plný text.


  • McRAPD unlike MALDI-TOF MS is a suitable candidate for routine discrimination of new Haemophilus influenzae strain acquisition in Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD) and Cystic Fibrosis (2016). Biomed Pap Med Fac Univ Palacky Olomouc Czech Repub. 160: 503-511.

První popis automatizovaného numerického vyhodnocení McRAPD dat. PubMed záznam, plný text.


  • Establishing the diagnosis of chronic colonization with Pseudomonas aeruginosa of cystic fibrosis patients: Comparison of the European Consensus Criteria with genotyping of P. aeruginosa isolates (2018). J Cystic Fibr. 17: 729-735.

McRAPD typizace demonstrována jako plně využitelná k predikci chronické kolonizace P. aeruginosa u cystické fibrózy v průměru o 9,3 měsíců dříve než na základě platných ECC kritérií, a to na souboru izolátů získaných po 14 letech sběru v centru péče o CF v Gentu PubMed záznam, plný text.